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まとめ PCR法検査手順の偽陽性について(Dr.にしださんのまとめ①) 荒らし防止のため、コメント禁止。ツイート主に攻撃することはおやめください。 次のまとめ② RT-PCRにおける偽陰性の原因 https://min.togetter.com/Qyx1cbP 次のまとめ③ 新コロ検査のポイント https://min.togetter.com/B6OHQ2V 次のまとめ④ 日本でも遂に新コロ唾液検査が始動!+新コロ唾液検査 遂に日本でも認可 https://min.togetter.com/2PvbFmt 次のまとめ⑤ 米国にて自宅での唾液検査実施が始まる(Dr.にしださんのまとめ⑤) https://min.togetter.com/e6k443P
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その1】日本中が『1億総PCR厨』と化したただ中にいると、「ひょっとすると、自分の頭の方がオカシイのかしらん?」と不安にかられる事もあるけれど、海外発の論文やニュースに目を転じた時、"RT-PCR" と記載された文章を見つけ、ホッと安堵する今日この頃・・。

2020-05-11 21:21:22
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その2】これだけ、上から下まで "PCR" を誤用しまくっている国、そして専門用語であるにもかかわらず、国民全員が訳もわからず "PCR" を連呼している国もまた、極めて珍しい。ホント、戦時中に見られたメディア扇動と、何ら変わりはしないよね。

2020-05-11 21:24:36
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その3】そんな世の中をぶった切るため、オジサンは今宵も頑張りまッス!(何を?)

2020-05-11 21:25:14
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その4】偽陽性については先日解説したので、本日のテーマはRT-PCRにおける「偽陰性」でございます。

2020-05-11 21:26:03
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その5】偽陰性の勘所をアタクシの個人的見解でまとめると、このようになる。 pic.twitter.com/w805LxqOid

2020-05-11 21:27:16
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Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その6】まず最初に検体用的中のウイルスRNA濃度が、「検出感度」に達していないということ。ここは、極めて重要なポイントであります。

2020-05-11 21:28:45
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その7】日本のメディアは、彼らが大好きな「右か左か」と同じ次元で、"PCR検査"に対して「陽性か陰性か」という判断を下しているけれど、ここが勘違いの始まりの基となっている。世の中、何でも『二値』で判定できるほど、単純ではないのであります。

2020-05-11 21:30:58
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その8】ウイルスに、陽性も陰性もなし。あるのは、連続性をもった『ウイルス濃度』なのであります。これを英語で『virus load』という。新コロ論文は、この言葉が理解できないと、決して読み解けないのでご注意あそばせ。

2020-05-11 21:33:48
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その9】当たり前のことではあるけれど、検体中にウジャウジャと「星の数」ほどの新コロがうごめいているものから、せいぜい「数十匹」がポツネンと存在するものまで、濃度は極めて大きい範囲に及ぶ。

2020-05-11 21:36:34
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その10】新コロの場合、具体的にはおよそ「10匹から10億匹」の範囲に及ぶ(濃度の分母は1mL)。つまり、ゼロの数は「1個から9個」まで変わる。ここで、昔習った懐かしの対数の出番となる。ウイルス濃度をlog10で表現すれば「1から9」となり、グラフ表現に都合が良い。

2020-05-11 21:40:26
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その11】ここで、具体的な viral load のグラフを見てみよう。3月のLancet Infect Disに掲載され、唾液検査導入のきっかけのひとつにもなった、有名な論文(PMID 32213337)。縦軸をご覧頂きたい。Mean viral load、単位は log10 copies/mL となっていることがわかる。 pic.twitter.com/NX1QfFIyXf

2020-05-11 21:51:11
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Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その12】例えば、グラフの右端にある青丸は「1」の高さにあるので、その濃度は10の1乗、すなわち "10 コピー/mL" であることを意味する。左端の方の青丸は「6」位の高さにあるので10の6乗、すなわち "100万コピー/mL" となる。

2020-05-11 21:54:52
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その13】検査キットと増幅&検出機械の精度にもよるが、検出感度はおおよそ "1〜2 log10 copies/mL" すなわち、"数十コピー/mL" が信頼できる限界となる。

2020-05-11 21:57:11
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その14】このように、RT-PCRは、わずか100nm前後のウイルスちゃんが、数十匹うろちょろしているだけで、検出できる巧の技なのであります👏。

2020-05-11 21:58:57
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その15】よく、日本の識者達が「PCRの感度は低い」とか宣っておりまするが、アホ抜かせ!とオジサンは言いたい💢。RT-PCR以上に感度が良いRNAウイルス検出方法があるなら、是非ともアタシに教えてほしい。

2020-05-11 22:00:38
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その16】加えて、RT-PCRが測定可能な濃度範囲は、1 log10 copies/mLから9 log10 copies/mLまで、その濃度差は実に「1億倍」にも及ぶのであります。

2020-05-11 22:03:30
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その17】この気が遠くなるほどの「検体中ウイルス濃度の広がり」を日本のメディアはモチノロン、下手すると専門家ですら理解できていない・・。そして「陽性か陰性」で物事を論じてしまう、浅はかさ😭。

2020-05-11 22:07:15
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その18】皆さまにおかれましては、「陽性か陰性か」ではなく、「連続性を持ったウイルス濃度」として捉える目を持って頂けましたら幸いに存じまする。

2020-05-11 22:09:00
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その19】そして、スライドにも小さい字で書いておりますが、ウイルス濃度が検出感度に達していない原因には、採取された検体が不適切であることに加え、「医師や看護師による検体の取り違え」、「技師によるRNA抽出の失敗」なども含まれることをお忘れなく。

2020-05-11 22:10:54
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その20】2番目。これも既に解説した事でありますが、新コロはRNAウイルスであり、大切なゲノムRNAはエンベロープに守られております。しかし、検体保管が不適切であると、さすがのエンベロープも破壊され、RNAはあっという間にリボヌクレアーゼで分解バラバラ・・。

2020-05-11 22:13:45
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その21】技師さんがRNA抽出を開始する以前に、目的のRNAは昇天されてましたぁ〜ということが起こる。保管のポイントは、高性能なウイルス輸送培地の選択と保管温度。これは、地方行政の責任。保管予算をケチると、RNAが分解される危険性は一気に上がる。

2020-05-11 22:17:39
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その22】3番目。これは、単純に検査に関わる者の習熟度の問題。DNAは比較的安定なので、DNA操作というのは短い研修コースでもある程、習熟することは可能。しかし、RNA操作はDNA操作とは全く次元が異なる操作であり、「出来る人間と出来ない人間」がいる。

2020-05-11 22:19:33
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その23】RNAを「リボヌクレアーゼの混入でぶち壊す」ような人は、何度やってもある頻度で繰り返す。これは教育ではどうしようもないので、適性判断が必要となる。すなわち「適切な人材の選択」であります。果たして、今の日本で適正検査は実施されているのか、否か・・

2020-05-11 22:22:27
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その24】冷たいようだが、臨床検査医学の世界では、「誰が間違いを起こしやすいか」を把握することは、とても重要。全国の衛生研究所で、「間違いのサーベイランス」は実施されているのでありましょうか?もちろん、この間違いの原因には「疲労」も大いに関与する。

2020-05-11 22:24:36
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その25】最後は、ちとオタッキーであるけれど、意外と実験室では多い原因。試薬の入れ間違いと機器操作ミス。かって「偽陽性」が報じられたとき、衛生研究所の人が「操作をダブルチェックします」と語っていたが、そんなもの、クリーンベンチの上で出来ますかいな・・。

2020-05-11 22:28:09
Dr.にしだ @WataruNishida

【RT-PCRにおける偽陰性の原因・その26】人的エラーに関しては、極力操作手順を単純化するか、全自動化するしかない。全自動核酸処理装置の導入は、予算の関係で地方には到底無理だろう。となると『操作手順を簡略化できる検査キット』の導入が、最も現実的な道となる。これについては、いつかまた。

2020-05-11 22:30:51

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まとめ 日本でも遂に新コロ唾液検査が始動!+新コロ唾液検査 遂に日本でも認可(Dr.にしださんのまとめ④) 荒らし防止のため、コメント禁止。ツイート主に攻撃することはおやめください。 前回のまとめ① PCR法検査手順の偽陽性について https://min.togetter.com/79cJuPx 前回のまとめ② RT-PCRにおける偽陰性の原因 https://min.togetter.com/Qyx1cbP 前回のまとめ③ 新コロ検査のポイント https://min.togetter.com/B6OHQ2V 次のまとめ⑤ 米国にて自宅での唾液検査実施が始まる(Dr.にしださんのまとめ⑤) https://min.togetter.com/e6k443P
まとめ 米国にて自宅での唾液検査実施が始まる(Dr.にしださんのまとめ⑤) 荒らし防止のため、コメント禁止。ツイート主に攻撃することはおやめください。 前回のまとめ① PCR法検査手順の偽陽性について https://min.togetter.com/79cJuPx 前回のまとめ② RT-PCRにおける偽陰性の原因 https://min.togetter.com/Qyx1cbP 前回のまとめ③ 新コロ検査のポイント https://min.togetter.com/B6OHQ2V 前回のまとめ④ 日本でも遂に新コロ唾液検査が始動!+新コロ唾液検査 遂に日本でも認可 https://min.togetter.com/2PvbFmt