ポケモン消失バグにて 問い合わせた方から、公式の回答が来ておりますが 「プレイヤーが逃がした」という回答に矛盾があったので掲載します
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ポケモン消失バグに関して簡易要点

発売直後のver1.0.0から発生している不具合である
アップデート後のver1.1.0でも修正されていない不具合である
ボックスの一部だけ消える特定ボックスごと消える等、症状は多種多様で詳しくは下記wikiを読んで欲しい
https://w.atwiki.jp/pkswsougiwiki/pages/16.html#id_080f14a3
これに関して公式でのアナウンスは発売日から一切無し
・現状、不具合対策として出来る事は「大事なポケモンは手持ちに持つ」こと

1/21追加のまとめはこちら

https://min.togetter.com/43jIOzX

ポケモン消失バグに関して増田氏に直接リプライを行った結果(2019/12/20)

※ポケジョブは利用していない

ShoW_pkmn @ShoW_pkmn_Jolno

@Junichi_Masuda 増田さん、先日シールドで特典のキョダイマックスニャースを受け取ったのですが、手持ちにもボックスにもいませんでした。改造などの悪質な行為をした訳でも無いのでとても悲しいです。 僕がニャースをキョダイマックスさせる日は訪れないのでしょうか?? #ポケモン剣盾

2019-12-13 17:31:30
増田順一@Pokémon @Junichi_Masuda

@ShoW_pkmn_Jolno 一応、念のため、ポケジョブに出しているポケモンに戻ってきてもらって確認してもらえますか?もし、それでも、居ないようであれば、お手数ですがサポートセンターなどに、お問い合わせよろしくお願い致します。

2019-12-13 20:50:17
Ye:無断転載禁止 @GiratinaLove

@ShoW_pkmn_Jolno @Junichi_Masuda もしポケジョブを利用されていたのなら、ボックスが一杯になっている状態であればボックスに空きを作ると戻ってきた、という報告が有りましたので試してみてください。 #ポケモン剣盾エラー調査

2019-12-13 23:36:20
ShoW_pkmn @ShoW_pkmn_Jolno

@GiratinaLove @Junichi_Masuda ポケジョブは発売日から一回も開いた事無いのですよ。なのでその可能性は極めてZEROに近いです...

2019-12-14 06:21:04

ポケモン消失バグに関して公式にお問い合わせした結果・・・

ShoW_pkmn @ShoW_pkmn_Jolno

@Junichi_Masuda 増田さん、どうやら僕は二度とキョダイマックスニャースを使えないようです。増田さんに訴えてもしょうがない事は分かっています。けど、色んな人にこんなことがあったと知ってもらいたいのです。原因が分からないので対策のしようもありません。 pic.twitter.com/icZBTYEfvr

2019-12-20 19:57:53
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alst @AlstCandito

ポケモン消失の件の返信ようやく来た。ボックス検索もしたし、図鑑は登録されているし、フリーズややり直しもしてません。巻き戻りも起きてない。 結果、私が逃がした事にされる、と… 逃がす機能なんて使った事ないけど… 悲しい pic.twitter.com/oyEFZbtxVJ

2019-12-20 21:26:41
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ひいらぎ @ogaaa084

お問い合わせしたらこんな返信きたんだか?消えたから問い合せたのにね。 pic.twitter.com/YJLDXjLGFr

2020-01-16 20:47:57
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公式からの回答の「プレイヤーが逃がした」という事に関して疑問が出る事例が起こる

※タマゴはプレイヤーが逃がす事が出来ません

TN:のなか⚔️🛡 @mii_ko_n

オシャボ個体紛失多すぎ ほぼいない説出てきた😥

2020-01-18 08:42:33
TN:のなか⚔️🛡 @mii_ko_n

体感30匹くらい減ったかな スカスカw ここまでくるとボックスからポケモン消失するバグ疑うレベル😥

2020-01-18 12:02:47
TN:のなか⚔️🛡 @mii_ko_n

@la_mb_2808 頂いてから孵化せずにボックス内で放置していた子もいなくなっていたので...謎です...😥

2020-01-18 12:45:17

最後に

現在、タマゴの消失バグに関しての調査を行っております
もしもタマゴが消失した場合

Twitterのタグポケモン消失バグで報告をお願いします

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まとめたひと
🐔にわとり🐓 @Chicken_egg10

ほぼノマスカがメインです、時々シアトリズムもプレイしてます 移行先 mstdn.jp/@Chicken_egg10 ※政治的な発言もあるので注意 ※ネタバレは発売直後は控えてます